Die E-Bilanz-Software kann auf unterschiedlichen Datenbanksystemen betrieben werden. Bei der Installation der Software ist ein Datenbanksystem (Derby, SQL, o.a.) auszuwählen.

In den Einstellungen wird der Datenbanktyp festgelegt. Dieser bestimmt, ob der Speicherort der Anwendung auf dem gleichen Rechner wie die E-Bilanz-Software selbst liegt ("LOCAL") oder einem zentralen Server ("REMOTE") eingerichtet ist.

Ein Wechsel einer eingerichteten Datenbank ist nur unter bestimmten Voraussetzungen möglich.